Giovanni Gabrieli nacque a Venezia tra il 1554 e i primi mesi del 1557. Non molto si conosce sulla sua giovinezza, ma si presume che, allievo dello zio Andrea, abbia messo presto in luce le sue doti di organista e compositore, poiché già nel 1575 figura tra i “virtuosi” del duca Alberto V di Baviera,  sotto la direzione di Orlando di Lasso. Rientrò a Venezia nel 1579 e nel 1584 figura come organista presso la Scuola Grande di S. Rocco. Nel 1584 fu anche  nominato organista temporaneo della Cappella di S. Marco; l’anno seguente ebbe la nomina a primo organista. L’intensa opera di pubblicazione dei lavori dello zio lo avrebbe impegnato per lungo tempo, il che, a detta di alcuni critici, non avrebbe giovato alla diffusione delle sue opere: è infatti soltanto nel 1597 che diede alle stampe la raccolta delle Sacrae symphoniae… senis, 7, 8, 10, 12, 14, 15, & 16, tam vocibus, quam instrumentis, editio nova (A. Gardano, Venezia 1597). Si perdono in seguito le notizie sulla sua attività artistica. Le sue precarie condizioni di salute lo costringono ad avere  già dal 1600 un suo sostituto;  morì a Venezia il 12 agosto 1612.
L’ottima fama di cui godette in vita e dopo la morte è testimoniata dai numerosi omaggi che gli furono tributati dai contemporanei; l’eccezionalità della sua opera doveva essere ampiamente percettibile ai numerosi allievi, come Heinrich  Schütz e Alessandro  Grandi. Occorre mettere in evidenza il contributo recato da Gabrieli all’evoluzione del linguaggio strumentale, concepito secondo una sensibilità espressiva inedita, libera dagli schemi più convenzionali della tradizione cinquecentesca e già aperta alle future conquiste dell’arte barocca. Se le prime composizioni non si discostano dai modelli dello zio Andrea con le Sacrae symphoniae del 1597 una maggiore aderenza al testo lo porta ad una pluralità di scelte stilistiche con passi omofoni che si alternano a sezioni dialogate e contrappuntistiche. Una policoralità sempre più spinta e diversificata rende le sue composizioni altamente magniloquenti e spettacolari nel vero senso della parola.